Annecy si inserisce nella regione della Savoia, a sua volta divisa nei due dipartimenti della Savoia e dell'Alta Savoia di cui fa parte la città e di cui è capoluogo a partire dal 1860, anno dell'annessione della regione alla Francia.

Alcune testimonianze relative alle sue origini ci riportano ai tempi romani quando questo popolo tentò, riuscendoci, di assoggettare l'intero territorio; del resto si sa che i Romani lasciarono una grande impronta nella storia francese e molti ricordano le loro conquiste nella Gallia sud-orientale.
E dopo lo smembramento dell'Impero Romano la Francia fu il primo Stato nazionale che si venne a formare in Europa.

La Savoia rimase ai Romani fino al 408 d.C. e in seguito fu sottomessa alla dinastia franca dei Carolingi e del regno di Provenza; nel Quattrocento venne inserita ai possedimenti di Casa Savoia e fu costretta a subire le conseguenze connesse a diversi incendi che la distrussero per buona parte.
Ripresasi, Annecy venne dichiarata capitale del territorio comprendente Faucigny, Beaufortin e Ginevrino.

Il nome di Annecy è legato a quello di Francesco di Sales: con l'intento di avvicinare alla Chiesa quante più fedeli possibili, egli, vescovo di Ginevra e dottore della Chiesa, fu con i suoi insegnamenti un grande predicatore cattolico nel periodo della Riforma calvinista al punto tale da essere stato ispiratore di alcune comunità religiose tra cui è nota la Famiglia Salesiana di San Giovanni Bosco.
Nell'epoca della Rivoluzione Francese l'Alta Savoia e dunque Annecy costituirono il dipartimento del Mont Blanc sino al 1796 quando la Savoia venne divisa nelle due circoscrizioni del Lemano e del Mont Blanc; dal 1860 Annecy è il capoluogo del dipartimento dell'Alta Savoia.